הנדסת ביוטכנולוגיה עוסקת בכלל התהליכים העושים שימוש באורגניזמים חיים למטרת ייצור מוצרים כימיים. כלומר, פיתוח שיטות ותהליכים במטרה לעשות שימוש באורגניזמים חיים או בחלק של אורגניזם לשם ייצור מוצרים בתחום החקלאות, הרפואה והתעשייה בכלל.
הביוטכנולוגיה כוללת דיסציפלינות השלובות זו בזו, לכן בוגרי התואר משתלבים במהלך הקריירה בתחומים עשייה שונים ומגוונים.
ההכשרה של מהנדסים בביוטכנולוגיה, מתמקדת בכמה תחומים עיקריים והנקודות המשיקות ביניהם, כאשר עולם הביולוגיה והחי משמש כאבן היסוד. תחומים עיקריים נוספים הם כימיה, קורסי יסוד בהנדסה, גנטיקה והנדסה גנטית, לימודי סטטיסטיקה, לימודי הנדסת מזון, רוקחות וייצור תרופות, תכנות, לימודי הנדסת תוכנה, לימודי הנדסת מכונות ועוד.
מטרת התואר היא לספק לסטודנט את הידע והכלים המתאימים לפיתוח ושיפור הסביבה, איכות החיים והחיים עצמם דרך שילובם של תכונות שונות מתחום הביולוגיה אל תוך תחומים אחרים ולהיפך.
מלבד הנדסת ביוטכנולוגיה, מסלולי הלימוד המוצעים בתחום מאפשרים ללמוד גם ביוטכנולוגיה מבלי לקבל הכשרה כמהנדס. בנוסף, קיימת אפשרות לבחור מסלול לימודים להנדסאי ביוטכנולוגיה.
במהלך לימודי הנדסה יתבקש הסטודנט לבחור גם את ההתמחות המועדפת עליו, כשבין האפשרויות המוצעות ניתן להתמחות בהנדסת ביוטכנולוגיה ומזון, ביוטכנולוגיה ימית, ביוטכנולוגיה חקלאית, כימיה וביוטכנולוגיה, מדעי בעלי החיים ועוד.
מומלץ להשקיע זמן ומחשבה בבחירת ההתמחות, שכן מלבד הקורסים השונים בין ההתמחויות, הבחירה בתחום ההתמחות תשפיע ככל הנראה על מקום העבודה העתידי ועל המשך הקריירה כמהנדס ביוטכנולוגיה.
את התואר מציעים כמעט כל האוניברסיטאות, ביניהם אוניברסיטת תל אביב, אוניברסיטת בן גוריון בבאר שבע והטכניון שבחיפה. כיום מציעות את המסלולים השונים בביוטכנולוגיה גם מספר מכללות ברחבי הארץ, ביניהן מכללת תל חי, רשת אורט ואחרים, וסביר להניח כי עקב הביקוש הרב למהנדסים בתחום מכללות רבות יצטרפו בהמשך.
עבודתו של מהנדס הביוטכנולוגיה היא מגוונת ובעלת מטרות שונות, ביניהן ריפוי מחלות דרך שימוש בתכונות הקיימות בעולם החי, יצירת מאגר איברים אינסופי והעלאת רמת החיים בכלל.
כך, לדוגמה, עזרה הנדסת הביוטכנולוגיה לצמצום הרעב בעולם, כשהיא הביאה לעולם אורז שיכול לגדול במצב של חוסר מים ובנוסף חסין מפני מחלות. דוגמה יפה אחרת היא יצירת סביבה בריאה יותר, באמצעות פיתוחו של האורז הזהוב, המכיל בתוכו גן הגורם לאורז להיות עשיר בבטאקורטן במטרה לפתור את בעיות הראייה של מיליון ילדים ביבשת אפריקה שסבלו ממחסור בבטאקורטן (מחסור זה גרם לתופעות עיוורון רבות אצל ילדי יבשת אפריקה).
פיתוח מוצרים ביוטכנולוגיים הוא מאד יקר, אך גם מאוד ריווחי, ולכן הוא מושך חברות פיתוח רבות המבקשות לתרגם את הפיתוחים בתחום לכסף.
נכון להיום, קיימות חברות פיתוח רבות המשקיעות כסף ומשאבים רבים בתחום הביוטכנולוגיה, במטרה להמשיך לפתח אמצעיים חדשניים בתחומי החיים. כמו כן, גופים ממשלתיים רבים מקימים מעבדות מחקר לתחום הנדסת הביוטכנולוגיה עשירות בכסף ואמצעים, מתוך הבנה כי הצלחה בתחום תשפר פלאים את רמת המחייה והכלכלה במדינה.
בין השאר יוכלו בוגרי התואר להשתלב בחברות התרופות, המזון, והרפואה.